Non riesco ad attivare i permessi root.

Io ho fatto il root al mio Xperia M C1905 con Towel Root. Towel root installa i binari su 1.99, poi devi installare una root management app (consiglio VIVAMENTE SuperSU), fare l'update dei binari su e riavviare.
Ricordati che anche se hai il bootloader sbloccato e una recovery, devi dire di fare l'aggiornamento in modalità normale e NON in CWM/TWRP

TowelRoot e un Autorooter che sfrutta un exploit d-based, cioè che è già stato pubblicato e patchato nel 99% dei dispositivi, quindi non è utile. Si può provare Kingroot che è il più potente tool di autorooting al mondo

Kingroot è molto efficace, ma sui dispositivi Xperia Towelroot funziona perfettamente. Tra l'altro, questo xperia E è si è fermato al Jelly Bean 4.1.1 (un'altro dei telefoni purtroppo abbandonati dalla Sony), quindi la sicurezza è meno presente.
http://www.freeware-android.net/sony-xperia-e-c1504-c1505-sony-nanhu-ss-device-2941/hacks-tweaks-tag/towelroot-download-296037.html
In questo link c'è scritto che towelroot funziona da Android 3.0 a 4.4, e questo telefono è un 4.1.1

Provali tutti e due nel dubbio